סדר היום של רבני הישיבה שזורים במחויבויות שונות כחלק מהחיבור הרוחני והמחויבות האישית בתומכי הישיבה.
בראשית הלימוד הרבנים מייחדים זמן לקריאת תהילים ותפילה יחודית מעומק הלב להצלחת עם ישראל, ובאופן אישי להצלחת תומכי וידידי הישיבה, אשר הם זוכים בכל זכויות לימוד התורה מידי יום ביומו.
כמו כן, לקראת סיום סדר הלימוד מתקיים לימוד פרק משניות לע"נ נשמות עם ישראל כאשר מוזכרים בו באופן אישי הנפטרים – בני משפחה של תומכי הישיבה.
ניתן למסור שמות לתפילה ולימוד משניות לעילוי נשמת באמצעות המזכירות בסכום סמלי.

כה גדולה זכות אמירת ולימוד משניות שבן יכול להכניס את נשמת אביו לגן עדן על ידי שלומד משניות לע"נ ואפילו כל יהודי מישראל יכול להציל נשמת נפטר מאימת הדין ולהכניסה להיכלות מפוארים בגן עדן על ידי לימוד משניות.

בכתבי הקודש והקבלה בולט המקום המוקדש לתיקון הנשמה לאחר פטירת החבר, כגון לימוד משניות לעילוי נשמתו בחודש שלאחר פטירתו ובמהלך השנה וביום השנה. העונג הרוחני והתיקון המגיע לנשמת הנפטר אינו נתפס בשכל  אנוש. הוא מעלה את הנשמה לגבהים נשגבים ומסנגר על הנשמה ביום דין

"אשר היה עוסק בתורה ובמשנה יותר מאחיו, ולאחר פטירתו של אדם כשדנין אותו לגיהנם קורא לכל שבט ושבט שיצילהו משם ואין קול ואין עונה, וכשקורא לאשר משיב לו אשר: קראת מימיך משנה? אם אומר לו הן מיד מוציא אותו מגיהנם בזכות המשנה. וזהו שאמר הכתוב מאשר שמנה, רצונו לומר שמנה אותיות משנה, בשביל שקרא המשנה הוא יתן מעדני מלך, רצה לומר עדן של מעלה".